Происходит это потому что не в конфиге ошибка, а в переменной окружения папка /root/bin указана как ~/bin. Вот:
echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/share/java/apache-ant/bin:/opt/java/bin:/opt/java/db/bin:/opt/java/jre/bin:/usr/bin/vendor_perl:/usr/bin/core_perl:~/bin
Для системы это одно и то же, а вот ркхантер так не понимает… меняем PATH на нормальный командой:
export PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/share/java/apache-ant/bin:/opt/java/bin:/opt/java/db/bin:/opt/java/jre/bin:/usr/bin/vendor_perl:/usr/bin/core_perl:/root/bin
Только свои ж значения подставьте после “=”!!
http://geckich.blogspot.com/